的蒙古入侵
入侵俄罗斯蒙古人对俄罗斯文明的未来造成了灾难性的影响，但教会幸存了下来，作为唯一统一的社会组织和宗教的主要承载者拜占庭式的遗产。从尼西亚或君士坦丁堡任命的“基辅和全俄罗斯的大主教”是一个重要的政治权力，受到蒙古可汗的尊重。免除地方王公向蒙古人缴纳的赋税，只向他的上级报告大公牧首)，俄罗斯教会的领袖获得了前所未有的道德尽管他不得不放弃他在基辅的大教堂，这座教堂已被蒙古人摧毁。他保留教会对广袤领土的控制喀尔巴阡山脉到伏尔加河在新创建的撒莱主教区(靠近教堂)上方里海)，它是蒙古人的首都，也是前基辅帝国的西部诸侯国的首都，即使在他们成功赢得独立(如加利西亚)或落入苏联的政治控制之下立陶宛而且波兰．
教会联合和神学复兴的尝试
1261年，尼西亚皇帝迈克尔Palaeologus从拉丁人手中夺回君士坦丁堡，成为东正教教徒族长又占了进去圣索菲亚大教堂．从1261年到1453年的古学者王朝他所统治的帝国四面受敌，被内战撕裂，逐渐缩小到帝国的极限皇城本身。与此同时，教堂保留了许多原有的建筑声望他所管辖的领土要大得多，包括俄罗斯、遥远的高加索地区、巴尔干半岛的部分地区以及土耳其人占领的广大地区。这一时期的几个族长，例如，阿西尼厄斯Autorianus(1255 - 59,1261 - 65)，亚大纳西我(patriarch 1289 - 93,1303 - 10)， John Calecas (patriarch 1334-47)和Philotheus Coccinus (patriarch 1353 - 54,1364 - 76)表现出极大的独立于皇权，尽管仍然忠于拜占庭的理想oikoumenē．
没有强大帝国的军事支持，君士坦丁堡的宗主教当然无法做到断言它对教堂的管辖权保加利亚而且塞尔维亚在拉丁人占领期间获得了独立。1346年塞尔维亚教会甚至宣称自己是宗主教;君士坦丁堡短暂的抗议最终在1375年被承认。在俄罗斯，拜占庭的教会外交卷入了一场激烈的内乱。一场激烈的竞争在莫斯科大公和立陶宛两人都渴望成为摆脱蒙古枷锁的俄罗斯国家的领导人。“基辅和全俄罗斯的大都会”现在已经定居了莫斯科在大都市的情况下圣亚历克西斯(1354-78)，经常在莫斯科政府中发挥指导作用。教会对莫斯科的支持在莫斯科人的最终胜利中起了决定性作用，并对后来的俄罗斯历史产生了显著的影响。不满的俄罗斯西部诸侯国(后来构成乌克兰)只有在他们的强大支持下才能获得波兰的而且立陶宛领主——在加利西亚和加利西亚临时任命独立的大都会白俄罗斯．最终，在14世纪后期，居住在莫斯科的大都会再次集中了俄罗斯的教会权力。
与西方教会的关系
拜占庭世界北部地区的权力斗争背后的主要原因之一是与西方教会的关系问题。对于大多数拜占庭教士来说，年轻的莫斯科公国似乎更安全堡垒而不是向罗马天主教波兰臣服的西方诸侯立陶宛．还有一个重要的政党在拜占庭它本身也倾向于与西方联合，希望能发动新的西方十字军东征来对抗威胁的土耳其人。事实上，教会联合的问题是整个古古生物时期最紧迫的问题。
皇帝迈克尔·帕勒奥洛格斯(1259-82)不得不面对西西里诺曼国王咄咄逼人的野心安茹的查理他梦想在君士坦丁堡重建拉丁帝国。为了获得教皇对查理的宝贵支持，迈克尔派出了一名受拉丁启发的信仰告白对教皇格里高利X，和他的代表接受与罗马在里昂会议(1274)。这次由皇帝发起的向西方投降，在教会中几乎得不到支持。在他的一生中，迈克尔成功地将一位东方天主教大牧首，约翰Beccus在君士坦丁堡教堂，但在米迦勒的死亡一个东正教委员会谴责联盟(1285)。
在整个14世纪，拜占庭皇帝发起了许多其他关于联合的谈判尝试。正式会议分别在1333年、1339年、1347年和1355年举行。1369年皇帝约翰五世皈依了罗马人信仰在罗马。所有这些尝试都是由政府发起的，而不是由教会发起的，因为一个明显的政治原因。他希望西方国家能帮助他们对抗土耳其人。但这些尝试也没有带来任何结果教会或者在政治层面上。大多数拜占庭东正教教徒并不反对联合的想法，而是认为只有通过正式的宗教仪式才能实现联合大公会议东西方将在平等的基础上会面，就像他们在教会早期的几个世纪所做的那样。一个委员会的计划以特别一致的方式得到推进约翰Cantacuzenus在短暂的皇帝统治(1347-54年)后，他成为了一名僧侣，但继续对教会和政治事件产生巨大影响。成立大公会议的想法最初被教皇拒绝，但最终还是被接受了恢复在15世纪随着一时的胜利conciliarist这种思想(主张赋予议会更多的权力，减少教皇的权力)在西方的议会康斯坦斯而且巴塞尔协议．面对希腊人与和解派而非罗马联合的可能性，教皇地球四世在费拉拉召开了联合大公会议，后来迁到佛罗伦萨。
的费拉拉-佛罗伦萨议会(1438 - 1445)持续了几个月，并允许长时间的神学辩论。皇帝约翰八世，大牧首约瑟和许多主教和神学家代表了东方教会。他们最终接受了罗马人的大部分立场Filioque条款,炼狱(死亡和天堂之间灵魂净化的中间阶段)，以及罗马的主导地位．政治上的绝望，以及在没有西方支持的情况下再次面对土耳其人的恐惧，成为了决定性的是什么因素导致他们在联合法令，也被称为佛罗伦萨联合(1439年7月6日)。以弗所的大主教，马克Eugenicus他独自拒绝签字。在他们回到君士坦丁堡后，大多数其他代表也宣布放弃接受议会，教会之间的关系也没有发生重大变化。
在圣索菲亚大教堂正式宣布联合被推迟到1452年12月12日。然而，1453年5月29日，君士坦丁堡落在奥斯曼土耳其人．苏丹Mehmed二世把圣索菲亚大教堂变成了清真寺联邦的少数支持者逃到了意大利。
神学和修道院的复兴
矛盾的是，拜占庭在古生纪皇帝统治下的悲惨历史与令人震惊的历史同时发生知识精神和艺术的复兴，影响了整个东方基督教世界。文艺复兴并非没有激烈的争议和两极分化。1337年卡拉布里亚人巴兰作为拜占庭人文主义的代表之一，他攻击了基督教的精神实践静修士(源自希腊语hēsychia，意思是“安静的”)僧侣，他们声称基督徒禁欲主义而灵性可以引导我们看到上帝的“非受造之光”。Barlaam的立场得到了其他几位神学家的支持，包括Akyndinus和Nicephorus Gregoras．经过激烈的辩论，教会支持了修道士的主要发言人，圣格里高利·帕拉马斯(1296-1359)，他显示自己是最重要的神学家之一中世纪的拜占庭。1341年、1347年和1351年的议会通过了神学在1347年之后，父权的王位一直由他占据门徒．约翰六世他作为皇帝，主持了1351年的会议，全力支持静修士．他的密友，尼古拉斯Cabasilas在他关于神圣礼仪和圣礼的精神著作中，他定义了Palamite神学的普遍基督教意义。宗教的影响狂热者他在君士坦丁堡取得了胜利，比土耳其帝国更长寿，并为东正教精神在土耳其统治下的延续做出了贡献。它还传播到斯拉夫国家，特别是保加利亚和俄罗斯。14世纪下半叶俄罗斯北部的修道复兴，这与修道院的名字有关拉多涅日的圣谢尔盖，以及同生肖像学的复兴(例如，大画家的作品)安德烈Rublyov)，如果没有与阿陀斯山的中心。Hesychasm以及拜占庭的精神和知识生活。
随着赫西查斯特的复兴，一个重要的“向西方开放”正在一些拜占庭教会中发生。两兄弟Prochorus而且狄米特律斯Cydones例如，在坎塔库泽努斯(Cantacuzenus)的赞助下，他们系统地将拉丁神学家的著作翻译成希腊语。因此，主要的著作圣奥古斯汀圣。坎特伯雷的安塞姆和圣。托马斯·阿奎那第一次向东方开放大多数有拉丁思想的希腊神学家最终支持皇帝的联合政策，但也有一些类似的学者Gennadios二世他是土耳其占领下的第一位宗主协调他们对西方思想的热爱以及对东正教的完全忠诚。